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运输公司的注册登记一般在其所在地的工商行政管理部门进行。
以注册一家物流公司为例，具体流程和地点如下：
1、核准公司名称：需要前往工商局领取“企业（字号）名称预先核准申请表”，填写并携带相关材料前往工商局进行名称核准。
2、编制公司章程并签字：由所有股东在章程上签字确认。
3、申请公司经营许可：需前往交通运输管理所办理相关手续，包括道路经营许可证等，具体的办理地点通常为当地的交通运输局或交通运输管理所。
4、办理营业执照：携带相关材料前往工商部门领取营业执照的正本和副本，这一步通常在工商局进行。
5、刻制印章并开设银行账户：在取得营业执照后，需前往公安局指定的地点刻制公司印章并开设银行账户。
物流公司的注册登记主要在工商局和交通运输管理部门进行，需要注意的是，具体的注册流程和所需材料可能因地区而异，建议咨询当地的工商行政管理部门或相关机构获取详细信息。